הואיל ושלום עכשיו תומכת בהבנות בין שני הצדדים, מבחינה פנימית, הארגון התקשה לבסס עמדה חד משמעית לתמיכה במהלך החד צדדי שהובל על ידי ממשלת שרון. יחד עם זאת, הישארות ברצועת עזה מעולם לא הייתה משויכת להקשר היהודי העכשווי או ההיסטורי ועל כן הוחלט בסופו של דבר לתמוך ביציאה מגוש קטיף וההתנחלויות האחרות. לשם קידום הרעיון, חולקו סרטים כחולים לתומכים והוצאו הודעות תמיכה רשמיות לתקשורת למטעם הארגון.
