בשנים שקדמו לאינתיפאדה הראשונה ולאחריה, הובילה שלום עכשיו את מהלכי ההידברות עם ההנהגה הפלסטינית ובכך הפכה לחלוצה ביצירת הקשרים עם פייצל חוסייני ואנשיו. כחלק מעשייה זו, דרשה העמותה להפסיק את הבנייה בשטחים מחד גיסא ואת ההידרדרות האלימה מאידך. ניתן לומר כי מעבר לפתיחת ערוצי התקשורת הללו סייעה שלום עכשיו לממשלות ישראל להשיג לגיטימציה ציבורית לניהול מו"מ מדיני עם הירדנים והפלסטינים בהמשך הדרך.
