מתחילת המלחמה, שלום עכשיו הביעה תמיכה באופן רשמי בתגובה הצבאית נגד חיזבאללה. אולם ברמה הפנימית, הרחיבה התנועה את ההתנגדות להתנחלויות והחלה לעתור לבג"צ בנושא זה. למעשה, מחקר של שלום עכשיו חשף את השימוש של קרקע פלסטינית פרטית לבניית מאחזים בלתי חוקיים בגדה המערבית ובכך העלה לסדר היום את הפן המשפטי-חוקי של ההתנחלויות. בזכות העתירות של שלום עכשיו, התאפשרו שורה של צווים לפינוי של כתשעה מבנים בעמונה.