על אף האתגרים הכלכליים והביטחוניים בפניהם עומדת ישראל, נמשכת ההשקעה בהתנחלויות. כמו כן, ממשיכים המתנחלים להקים מאחזים חדשים, וריסונם אינו מתבצע בשטח. סקרי דעת קהל מראים על תמיכה ישראלית נרחבת בהקפאת הבניה בהתנחלויות, פירוק המאחזים ופינוי התנחלויות. הסקרים מראים גם כי רוב המתנחלים היו מסכימים לפינוי ההתנחלויות במסגרת הסכם שלום ועם תכנית פיצויים.
ההתנחלויות והמאחזים מאריכים את קווי ההגנה של ישראל ומחייבים את צה"ל להסיט משאבים ממניעת פיגועים בישראל להגנה על חייהם, בתיהם ונתיבי התחבורה של אותם ישראלים מעטים החיים בלב האוכלוסייה הפלסטינית במקומות נידחים בגדה המערבית. ההתנחלויות גם פוגעות ביכולתה של ישראל לבנות ביצורים טובים יותר לאורך הקו הירוק, ומותירות מספר גדול של ישראלים מחוץ לקו ההגנה של ישראל. לעומת זאת, במקומות בהם תוואי מכשול ההפרדה מתפתל המטרה להכיל התנחלויות, הוא מכניס מספר גדול של אוכלוסיה פלסטינית לתוך קווי ההגנה של ישראל. בנוסף לכך, ההתנחלויות מהוות נטל על התקציב המדולדל, כאשר הממשלה מעבירה מימון ישיר בלתי מבוטל לבינוי, וכן מימון עקיף בלתי מבוטל כדי לתת למתנחלים מגוון גדול של תמיכות ותמריצים בתחומי ההכנסה, החינוך, הדיור והתחבורה. ניתן היה למצוא לכספים אלה מטרות ראויות יותר בעיירות הפיתוח ובשכונות המצוקה בתחומי ישראל.
מלבד זאת, מהוות ההתנחלויות איום קיומי על ישראל כמדינה יהודית ודמוקרטית. בכך שהן מונעות מישראל את האפשרות להנתק מהגדה המערבית, הן מבטיחות כי ממשלת ישראל תשלוט בסופו של דבר על שטח בו גדולה האוכלוסיה הלא-יהודית מזו היהודית. אז תצטרך ישראל לבחור בין היותה מדינה דמוקרטית תוך אובדן זהותה כמדינה יהודית, או שמירת זהותה כמדינה יהודית על חשבון הדמוקרטיה (בה מיעוט יהודי שולט על רוב לא-יהודי נטול זכויות).